สำนักงานขนส่งจังหวัดนครปฐม เปิดดำเนินการเพื่อบริการประชาชน เมื่อ ปี พ.ศ.  2507   เป็นแห่งที่ 4  ของสำนักงานขนส่ง ทั่วประเทศที่เปิดดำเนินการ (ปี พ.ศ.2504  จันทบุรี เพชรบุรีและนครสวรรค์   ,ปี พ.ศ. 2505  อุบลราชธานี อุดรธานี สงขลาและเชียงใหม่   ปี พ.ศ.2506 เปิดที่จังหวัดนครราชสีมา)  โดยเปิดอาคารจากภาคเอกชน เป็นที่ทำการ เมื่อปี พ.ศ. 2529  ได้รับบริจาคที่ดินจากภาคเอกชน  เพื่อก่อสร้างอาคารที่ทำการ จำนวน 4 ไร่ 2 งาน  ได้รับงบประมาณ   เพื่อก่อสร้างอาคาร 2 ชั้น  พร้อมโรงตรวจสภาพรถ  ทำพิธีเปิด  เมื่อวันที่   16  เมษายน  2531  ต่อมาปี พ.ศ. 2536  ได้รับบริจาคที่ดินเพิ่มเติม จำนวน 4 ไร่  เพื่อก่อสร้าง อาคารทะเบียนรถยนต์ เป็นอาคาร 3 ชั้น เปิดดำเนินการเมื่อปี พ.ศ. 2538  รวมทั้งได้ก่อสร้าง สนามทดสอบขับรถโดยได้ขอรับการสนับสนุนงบประมาณ จากองค์การบริหารส่วนจังหวัดและภาคเอกชน  จำนวน 350,000 บาท